Zoals vermeld in de commentaar onder artikel 14 van de Code, moet de apotheker vanwege zijn ruime verantwoordelijkheid maar ook om zijn therapeutische vrijheid te beschermen, actief zijn onafhankelijkheid verzekeren. De onafhankelijkheid van de apotheker verwijst naar het idee van de vrije wil die de beroepsbeoefenaar toelaat “zijn kunde vrij uit te oefenen door zich enkel te beroepen op zijn weten en zijn geweten, zonder zich te onderwerpen aan externe druk”. Voor de patiënten en de maatschappij is het de waarborg dat enkel de bescherming van het algemeen belang en de volksgezondheid de handelingen van de apotheker zal sturen en is het een garantie voor de kwaliteit van de dienstverlening.
Dit geldt in het bijzonder in de relaties van de apotheker met alle actoren in de keten die leidt tot de terbeschikkingstelling van geneesmiddelen en andere gezondheidsproducten aan de patiënten. Wanneer hij een product aan een patiënt aanraadt, mag de apotheker inderdaad niet worden beïnvloed door andere beschouwingen dan het verstrekken van kwaliteitsvolle farmaceutische zorg die afgestemd is op de behoeften van zijn patiënt. Dat is o.a. de reden waarom apothekers geen premies of voordelen van zulke derden mogen krijgen (gecoörd. wet van 10 mei 2015 betreffende de uitoefening van de gezondheidszorgberoepen, art. 38, § 2, al. 2) noch monsters van geneesmiddelen (K.B. van 11 januari 1993 tot vaststelling van de voorwaarden waaronder geneesmiddelen voor menselijk gebruik in de vorm van monsters overhandigd mogen worden, art. 2; K.B. van 11 juli 2003 tot vaststelling van de voorwaarden waaronder geneesmiddelen voor diergeneeskundig gebruik in de vorm van monsters verstrekt mogen worden, art. 1). Dit is niet van toepassing op de gewone kortingen die verkregen worden bij aankoop van producten door een apotheker bij een firma voor zover daaraan door de firma geen voorwaarden gekoppeld worden.